COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 14.272970 14.272970 11.974971
2020-10-20 17:00:00 12.401916 12.401916 11.617254
2020-10-19 17:00:00 14.186315 14.186315 11.234398
2020-10-18 17:00:00 12.249618 12.249618 10.864272
2020-10-17 17:00:00 10.573331 10.573331 10.461954
2020-10-16 17:00:00 10.833099 10.833099 10.050841
2020-10-15 17:00:00 8.934262 8.934262 9.626378

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 13.382900 13.382900 10.676571
2020-10-20 17:00:00 10.233593 10.233593 10.428084
2020-10-19 17:00:00 11.839166 11.839166 10.234135
2020-10-18 17:00:00 10.940594 10.940594 9.908807
2020-10-17 17:00:00 9.284818 9.284818 9.650437
2020-10-16 17:00:00 8.286778 8.286778 9.372556
2020-10-15 17:00:00 10.712401 10.712401 9.078143

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 7.077435 7.077435 4.052245
2020-10-20 17:00:00 1.538462 1.538462 3.790298
2020-10-19 17:00:00 5.405405 2.104256 3.586438
2020-10-18 17:00:00 5.052632 5.052632 3.384033
2020-10-17 17:00:00 5.121294 5.121294 3.196290
2020-10-16 17:00:00 5.107527 5.107527 3.006401
2020-10-15 17:00:00 3.752535 3.752535 2.832853

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 5.553287 5.553287 3.783344
2020-10-20 17:00:00 3.794913 3.794913 3.605497
2020-10-19 17:00:00 7.317073 4.483188 3.539589
2020-10-18 17:00:00 3.309291 3.309291 3.410992
2020-10-17 17:00:00 3.136470 3.136470 3.292379
2020-10-16 17:00:00 3.698332 3.698332 3.154797
2020-10-15 17:00:00 1.992846 1.992846 2.994253

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 17.984876 17.984876 13.923493
2020-10-20 17:00:00 15.169384 15.169384 13.497041
2020-10-19 17:00:00 16.147998 16.147998 13.165927
2020-10-18 17:00:00 13.948302 13.948302 12.675952
2020-10-17 17:00:00 12.340277 12.340277 12.207453
2020-10-16 17:00:00 11.115029 11.115029 11.804391
2020-10-15 17:00:00 10.156813 10.156813 11.407782

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 8.586052 11.365176 9.641054
2020-10-20 17:00:00 9.381939 9.381939 9.390168
2020-10-19 17:00:00 14.345114 14.345114 9.176985
2020-10-18 17:00:00 8.804821 8.804821 8.964925
2020-10-17 17:00:00 11.120749 11.120749 8.703053
2020-10-16 17:00:00 9.324649 9.324649 8.396452
2020-10-15 17:00:00 7.040721 7.040721 7.986120

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 16.441441 16.441441 11.267085
2020-10-20 17:00:00 10.746514 10.746514 10.699175
2020-10-19 17:00:00 13.910355 13.910355 10.210327
2020-10-18 17:00:00 14.622642 14.622642 9.952057
2020-10-17 17:00:00 11.337407 11.337407 9.449078
2020-10-16 17:00:00 9.723041 9.723041 9.138191
2020-10-15 17:00:00 6.595538 6.595538 8.622617

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 7.837716 7.837716 6.943953
2020-10-20 17:00:00 8.185101 8.185101 6.742920
2020-10-19 17:00:00 7.425860 7.425860 6.462142
2020-10-18 17:00:00 6.861005 6.861005 6.214117
2020-10-17 17:00:00 4.297635 7.837262 5.955309
2020-10-16 17:00:00 4.908923 4.908923 5.697062
2020-10-15 17:00:00 4.837527 4.837527 5.438338

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 26.049618 26.049618 23.177053
2020-10-20 17:00:00 28.352610 20.742459 22.468471
2020-10-19 17:00:00 35.032538 35.032538 21.631072
2020-10-18 17:00:00 24.198823 24.198823 21.334922
2020-10-17 17:00:00 21.531323 21.531323 20.531198
2020-10-16 17:00:00 23.722628 23.722628 19.848903
2020-10-15 17:00:00 18.477331 18.477331 18.864267

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 18.073873 9.827805 12.920693
2020-10-20 17:00:00 14.788012 14.788012 12.762319
2020-10-19 17:00:00 17.062810 17.062810 12.537090
2020-10-18 17:00:00 14.673967 14.673967 12.363008
2020-10-17 17:00:00 14.985656 14.985656 12.050799
2020-10-16 17:00:00 12.834253 12.834253 11.595212
2020-10-15 17:00:00 10.173245 10.173245 11.126989

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 15.208614 15.208614 10.581326
2020-10-20 17:00:00 9.748083 9.748083 10.381044
2020-10-19 17:00:00 14.121037 14.121037 10.193294
2020-10-18 17:00:00 12.274368 6.919374 9.912402
2020-10-17 17:00:00 9.909910 9.909910 9.607889
2020-10-16 17:00:00 9.655751 9.655751 9.215550
2020-10-15 17:00:00 9.648518 9.648518 8.869726

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 2.879581 2.879581 4.611331
2020-10-20 17:00:00 5.439331 5.439331 4.908615
2020-10-19 17:00:00 5.163043 5.163043 4.865580
2020-10-18 17:00:00 2.681231 5.084746 4.967102
2020-10-17 17:00:00 6.863780 5.018939 4.896802
2020-10-16 17:00:00 3.954802 3.954802 4.817106
2020-10-15 17:00:00 3.318584 5.681818 4.663009

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 20.700986 20.700986 16.197166
2020-10-20 17:00:00 20.591133 20.591133 15.766754
2020-10-19 17:00:00 10.841837 10.841837 15.321957
2020-10-18 17:00:00 17.082917 17.082917 14.849698
2020-10-17 17:00:00 16.298633 16.298633 14.296316
2020-10-16 17:00:00 11.840888 11.840888 13.816567
2020-10-15 17:00:00 10.913140 10.913140 13.053034

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 14.135626 30.737279 20.636087
2020-10-20 17:00:00 32.413793 32.413793 19.484016
2020-10-19 17:00:00 27.335640 27.335640 19.211135
2020-10-18 17:00:00 16.551724 16.551724 17.951382
2020-10-17 17:00:00 13.804714 13.804714 16.694400
2020-10-16 17:00:00 18.137255 18.137255 15.634208
2020-10-15 17:00:00 15.816327 15.816327 14.469065

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 18.004404 10.033026 15.534490
2020-10-20 17:00:00 17.758555 17.758555 15.770770
2020-10-19 17:00:00 15.225196 15.225196 15.714026
2020-10-18 17:00:00 16.322674 16.322674 15.499570
2020-10-17 17:00:00 21.255194 21.255194 15.257716
2020-10-16 17:00:00 20.732323 20.732323 15.080711
2020-10-15 17:00:00 13.579598 13.579598 14.785151

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 7.012987 7.012987 8.901017
2020-10-20 17:00:00 6.598076 6.598076 8.598053
2020-10-19 17:00:00 15.300286 15.300286 8.365818
2020-10-18 17:00:00 14.346997 14.346997 8.183756
2020-10-17 17:00:00 9.618027 9.618027 7.930092
2020-10-16 17:00:00 7.819136 7.819136 7.732303
2020-10-15 17:00:00 7.152797 7.152797 7.570360

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 8.761805 8.761805 8.585803
2020-10-20 17:00:00 12.243767 12.243767 8.383396
2020-10-19 17:00:00 7.740993 7.740993 8.298627
2020-10-18 17:00:00 12.150026 12.150026 8.249561
2020-10-17 17:00:00 4.765396 6.744488 8.195541
2020-10-16 17:00:00 6.487805 6.487805 8.045863
2020-10-15 17:00:00 7.808564 5.814442 7.959626

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 16.057143 16.057143 10.624323
2020-10-20 17:00:00 10.375994 10.375994 10.249113
2020-10-19 17:00:00 18.054863 7.978841 9.933895
2020-10-18 17:00:00 12.356257 12.356257 9.619734
2020-10-17 17:00:00 9.335692 9.335692 9.271210
2020-10-16 17:00:00 11.123941 11.123941 8.902520
2020-10-15 17:00:00 8.600992 8.600992 8.511611

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 11.767903 11.767903 11.140245
2020-10-20 17:00:00 11.034108 11.034108 10.930522
2020-10-19 17:00:00 13.736417 13.736417 10.641134
2020-10-18 17:00:00 10.087963 12.234976 10.247188
2020-10-17 17:00:00 9.533623 11.774950 9.877503
2020-10-16 17:00:00 10.033223 10.033223 9.497130
2020-10-15 17:00:00 7.374032 7.374032 9.094996

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 18.363064 10.571878 10.686655
2020-10-20 17:00:00 9.056956 9.056956 10.626805
2020-10-19 17:00:00 27.110390 8.626033 10.344857
2020-10-18 17:00:00 17.937466 17.937466 10.140910
2020-10-17 17:00:00 9.990253 9.990253 10.009927
2020-10-16 17:00:00 13.561644 13.561644 9.859822
2020-10-15 17:00:00 13.377416 8.087487 9.597140

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 50.454545 50.454545 39.031471
2020-10-20 17:00:00 43.604651 43.604651 37.282376
2020-10-19 17:00:00 53.784861 53.784861 35.812363
2020-10-18 17:00:00 28.627451 28.627451 33.788079
2020-10-17 17:00:00 31.075697 31.075697 32.425882
2020-10-16 17:00:00 25.233645 25.233645 30.816963
2020-10-15 17:00:00 29.130435 29.130435 28.923988

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-21 17:00:00 18.144698 8.683170 14.052804
2020-10-20 17:00:00 15.521064 15.521064 14.343234
2020-10-19 17:00:00 25.730395 25.730395 14.305819
2020-10-18 17:00:00 21.396095 21.396095 14.054124
2020-10-17 17:00:00 16.702633 16.702633 13.729466
2020-10-16 17:00:00 30.890742 30.890742 13.422263
2020-10-15 17:00:00 8.291874 8.291874 12.859802

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 13.382900 13.382900 10.676571
Basilicata 7.077435 7.077435 4.052245
Calabria 5.553287 5.553287 3.783344
Campania 17.984876 17.984876 13.923493
Emilia-Romagna 8.586052 11.365176 9.641054
Friuli Venezia Giulia 16.441441 16.441441 11.267085
Lazio 7.837716 7.837716 6.943953
Liguria 26.049618 26.049618 23.177053
Lombardia 18.073873 9.827805 12.920693
Marche 15.208614 15.208614 10.581326
Molise 2.879581 2.879581 4.611331
P.A. Bolzano 20.700986 20.700986 16.197166
P.A. Trento 14.135626 30.737279 20.636087
Piemonte 18.004404 10.033026 15.534490
Puglia 7.012987 7.012987 8.901017
Sardegna 8.761805 8.761805 8.585803
Sicilia 16.057143 16.057143 10.624323
Toscana 11.767903 11.767903 11.140245
Umbria 18.363064 10.571878 10.686655
Valle d'Aosta 50.454545 50.454545 39.031471
Veneto 18.144698 8.683170 14.052804
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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